Il CD è un supporto che diversamente dai consueti supporti magnetici non è organizzato per blocchi di settori e tracce. Ogni sessione di scrittura su CD prevede quindi una propria organizzazione dei dati, la generazione di un proprio File System, la locazione del quale è riconosciuta dal lettore, in grado di indicare, per ogni sessione, la posizione dei file significativi.

L'organizzazione dei file secondo le convenzioni ISO 9660 prevede una serie di elementi comuni che provvedono a descrivere adeguatamente il volume, la locazione di ogni directory e subdirectory, la locazione dei file di ogni singola directory.

L'elemento principale è il Primary Volume Descriptor (PVD) contenente informazioni riguardanti il volume che indicano dove trovare le informazioni relative alla sua struttura, ma che contiene anche l'etichetta di denominazione del volume organizzata in maniera analoga al DOS (11 caratteri).

Un ulteriore elemento di descrizione della struttura del CD è rappresentata da un indice (Path Table -PT) utilizzato per ricercare più velocemente la posizione di ogni singola directory senza la necessità di dover scorrere tutto il disco prima di individuare quella ricercata; all'interno di questo indice non sono però riportate indicazioni riguardanti i file contenuti nelle directory poiché quest'ultima incombenza è demandata ad altri elementi di descrizione. Il primo di essi è il Root Directory File (RD) nel quale sono indicate tutte le informazioni relative esclusivamente ai file contenuti nella directory principale; ulteriori elementi sono i Directory File (DF), presenti in ogni directory, che si occupano di fornire le indicazioni relative ad ogni file presente nella specifica directory.

Convenzioni più o meno rispettate dai produttori di CD-ROM riguardano anche il numero massimo di livelli delle directory e sub-directory (attestato a 8 livelli di nidificazione) e la denominazione dei file per i quali è accettato l'uso di tutte le lettere maiuscole dell'alfabeto da A a Z, dei numeri da 0 a 9 e del carattere "underscore" (_) che sostituisce, sui software di incisione più evoluti, eventuali caratteri "strani" presenti nella denominazione del file.

Altro elemento di interesse riguardante la scrittura dei CD-R multisessione riguarda le indicazioni riportate prima e dopo ogni sessione sul disco, denominate lead-in e lead-out. Esse marcano, a partire dal centro del disco, l'inizio e la fine della sessione ed occupano circa 24 Mbyte per la prima sessione e circa 14 Mbyte per ogni sessione successiva. L'area iniziale (lead-in) include le indicazioni relative alla locazione d'inizio della sessione successiva; quando si procede alla protezione del compact disc dalla scrittura, l'area iniziale dell'ultima sessione risulta vuota impedendo quindi di fatto la registrazione di un'altra sessione poiché non è possibile sapere dove tale sessione potrebbe avere inizio.

Più generalmente, il risultato che si ottiene fissando la sessione con la protezione da scrittura è una maggiore velocità nell'operazione di riconoscimento del CD da parte del lettore.